Waitable Timers

http://msdn.microsoft.com/en-us/library/ms686898%28v=VS.85%29.aspx

http://msdn.microsoft.com/en-us/library/ms682492%28v=VS.85%29.aspx

Почему Вы используете именно таймер? Вообще-то при многонитевой (multithreads) организации приложения используются другие подходы: WaitFor..., Sleep, WaitableTimer, - полюс синхронизация с необходимой нитью (thread).
Вообще-то обычный таймер (timer) - это user mode object, который отправляет сообщение WM_TIMER в очередь событий. Далее дело приложения организовать корректно обработку данного сообщения. Причем обработка имеет свои нюансы для разных ОС: Win9x и Me - обрабатывается сообщение в главной нити процесса, NT и клоны - в той нити, где был создан таймер.

http://junglewin.narod.ru/threads.html#timer

таймер в потоке

http://msdn.microsoft.com/en-us/library/ms686915%28v=VS.85%29.aspx